Il sodalizio con Rubattino portò alla fondazione della Navigazione Generale Italiana, Società Riunite Florio e Rubattino (NGI), che contava 89 piroscafi. 

A seguito di un prestito contratto con la Banca Commerciale Italiana, nel 1895 Ignazio junior cedette a questa oltre 500 azioni della NGI. Nel 1894 divenne direttore della NGI Erasmo Piaggio, un altro imprenditore genovese già presente nella società con una flotta di piroscafi che copriva l’America meridionale.

Per rilanciare la società, Ignazio fece costruire a Palermo un bacino di carenaggio e il cantiere navale. Fu così costituita la Società dei Cantieri Navali, Bacini e Stabilimenti Meccanici Siciliani nel 1898. Il varo del primo piroscafo, realizzato nel neonato cantiere, il Caprera, nel 1904, fu celebrato con grandi onori. 

Nel frattempo, la Banca Commerciale Italiana aveva acquisito il controllo della NGI. A quest’ultima iniziarono ad arrivare importanti commesse, come la costruzione dei piroscafi Catania e Siracusa (1905), quest’ultimo arredato secondo il progetto di Ernesto Basile. Due anni dopo, il varo del transatlantico Europa che rappresentò un capolavoro della tecnologia e dell’estetica.

Per sottrarsi alle pressioni della Banca Commerciale e non potendo apportare innovazioni tecnologiche senza il sostegno di capitali e di manodopera qualificata, Florio cedette la Società dei cantieri Navali, poi liquidata nel 1906. Pochi mesi dopo, la NGI varò due gioielli della navigazione, i transatlantici Principe Umberto e il Duca d’Aosta. 

Da ultimo, Ignazio fondò nel 1925 la Florio Società Italiana di Navigazione per la gestione dei collegamenti nel Mediterraneo con privativa del governo, ordinando nuove navi. La Società fu trasformata in Tirrenia di navigazione nel 1932.

Nel 1929 avvenne il varo dell’ultima nave, il transatlantico Rex.

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